حاول زعيم القاعدة إصلاح علاقتة بالإخوان ضمن سلسلة أسماها “رسائل مختصرة لأمة منتصرة” ، حيث دعا الظواهري في رسائله القصيرة و التي تولت المواقع التابعة للتنظيم نشرها إلى تبني فكر جهادي جديد على نهج مؤسس جماعة الإخوان المسلمين، حسن البنا، وعبد الله عزام، وأسامة بن لادن، وآخرين.
وقال الظواهري إن البنا وعزام وبن لادن وعز الدين القسام وأبا مصعب السوري، أحيوا معنى الأمة الواحدة في مواجهة العدو الكافر، واعتبرت تقارير إعلامية أن دعوة الظواهري تشكل سابقة جديدة في آلية نظره لفكر ومنهج الإخوان الذي طالما انتقده واتهمه بمجاراة أنظمة الحكم واتباع سياسات المهادنة للانظمة الحاكمة .
يشار إلى أن “الحصاد المر” كتاب أصدره أيمن الظواهري، زعيم تنظيم القاعدة الإرهابي، في أواخر التسعينات، حاول فيه تفنيد مسيرة جماعة الإخوان المسلمين في 60 عاما مضت متناولا ذلك بالهجوم و الانتقاد، الأمر الذي أطلق لسان الجماعة عليه بالنقد والتجريح، وتناول الكتاب الجماعة بالهجوم علي شخوصها و أفكارها وطالبها بعدم إطلاق لفظ “الإمام الشهيد” على مؤسس الجماعة حسن البنا، وقد أحدث الكتاب ضجة فور صدوره قبل نحو 20 عاما.